（一）神话的发生学研究
在这一阶段，对神话的发生学的理论研究仍然是重点，且取得了不少颇具理论价值的研究成果。这里首先提一下2003年钟宗宪的论文《图腾理论的运用与神话诠释》，从具体的图腾与感生神话、变形神话之间的关系，体现出一种图腾崇拜，但与袁珂、宫哲兵等学者从人类思维进化的角度将图腾作为一个思维发展的阶段的看法不同，钟宗宪立足学科史，认为“图腾”关联着民族学与民俗学在中国的建立，而这两个学科的基础都是“民族志”研究，“利用各种文献资料和文化资料的融合，梳理出民族文化的整体内涵”，而具体落实下来，就是“古史研究与少数民族研究”，[53]从而在繁复的神话内容的解读和推演之外，接续起神话、图腾与历史、民俗、少数民族的关系，神话的发生学理论研究也加入了学科建制这一个新的元素。
这一时期研究神话的发生且取得成果的重点角度之一，依然是从人类的思维结构的进化切入的研究。比如田清旺2006年的论文《我国西南少数民族创世神话的哲学审视》，即重申了只有当社会和人类思维发展到一定程度后,人类才发现自己并思索自身的起源问题。而“西南少数民族流传的人类来源神话不仅仅表明其先民已有对人类从何而来的思考,更重要的是我们还能看出这种思考具有鲜明的物性特点,即神话往往从物质世界本身,而没有从精神甚至神的根源上去考察人类来源问题。”[54]而刘亚虎则详细阐释了这种“物性”，以及由“物性”而生的多样的“欲望”和这些“欲望”对人类思维的影响。在2008年的《欲望与思维——南方民族神话萌生的心理因素》这篇重要论文中，刘亚虎深刻“重现”了原始先民初始时将实体物象与幻想相连，且产生最初的关于“形”与“体”之关系的哲学思考：以形观灵，以灵造体；而语言的产生取代了朴素而单纯的“形”，描述性的行为带来了仪式的出现，沟通幽冥，预言休咎，以及最基本的生存需要——对猎物的预测。游牧需要群体的行动，因而诞生了动植物图腾、英雄图腾及相关神话；而农耕时期“种植和饲养的实践,却把时间形式和因果逻辑更多地‘内化’进了他们的智力结构和思维模式里”，产生的便多是关于气象神灵的创世神话。这些神灵的形象,源于先民的物欲和权欲,也源于先民对“群”的依附欲求。[55]刘亚虎此文内涵颇为丰富，而他从此角度所做的一系列研究可以看做新世纪以来神话的发生学研究的一个代表性成果。比如，他在2008年还发表了多篇讨论南方民族神话发生的心理与思维的论文，基本内涵几乎都与这篇文章的主旨相类。[56]只是他在《支配与和谐——南方民族与自然关系神话中的深层意识》一文中，认为“从结构模式的角度来观察,南方民族创世神话人物结构大都是“客体——主体”的单维二元关系”，直接把西方现代性以来的二元对立理论用于解释中国神话的发生，却可能失之轻快了，值得进行深入的反思。
鉴于神话的发生往往不是一次完成的，因而也不会是静止的，前揭袁珂、谷德明、陈建宪等学者都已经陈述过神话的流传、演变和再生，因此关注神话的发生学的另一个重要角度，便是神话的发展历程，一种动态的“发生学”。[57]这就牵涉到神话与历史叙述的复杂关系。刘宗迪在新世纪初便作讨论顾颉刚史学观与神话观的论文《用故事的眼光解释古史:论顾颉刚的古史观与民俗学之间的关系》，指出顾颉刚的古史研究的“层累说”虽然是有创见的用故事的眼光解释历史，但并未注意到“层累说”其实更是一个民俗学的观点，即关于民间文学流变性的观点。神话的发生与演变，以及神话群、神话系统的形成，因此也都是层累而成，这些“‘荒僻不经’的民俗进入学术的视野则导致了中国新史学的产生”。[58]而王宪昭也回到民族图腾的历史变换，发现北方民族神话中图腾的形成往往由多个小图腾融合而成，随着战争或交流，图腾发生弃置或改变，形成更大的联盟，也即民族的前身，而图腾的交融和演变，往往也是民族交往非常密切的时代。[59]所以正如田兆元所言，“神话的价值在于能否次生延续,而不在于它是否原生。同时,神话的价值也不在于其时代是否久远,而在于它对民众生活的影响。……神话史的研究与民族文化史的研究必须统一起来。”[60]当然，田兆元只关注了中国历代政治记忆之于神话的再生与延续的重要性，以及其如何从上而下影响民间记忆与群体心理。刘亚虎的文章则关注到族群的民间集体记忆与神话、崇拜发生变易之中的自然因素，一方面是历代民众“在生产、生活等集体实践的基础上,通过不断的‘内化’而形成某种共同的心理潜能”,也即集体无意识或族群记忆，并通过一系列图腾、祖先神话来凝聚族群意志；一方面则是王权统治力量的兴衰更迭，带来的平民阶层的壮大，这是一种历史的宿命，却也影响到更多平民英雄神话的出现，许多少数民族的英雄神话便活态是由此而生。[61]
神话的流传与“动态”发生学，势必会造成许多口承神话乃至是“活形态”神话的出现，它们不依靠文字与文献的传递，而更多的依靠口耳相传，九十年代孟慧英曾对活态神话做过初步的研究，可以说对消解“广义神话与狭义神话”贡献了理论力量，也打开了神话研究的新局面，从内容与意义的解释研究走向更宏大多元的文化研究。在这一阶段，活态神话越来越受到重视，研究角度愈趋广阔，首先便是发生学上的研究。代表如李子贤的重要论文《试论云南少数民族神话的发展演进脉络》、《神话王国诸相——对云南少数民族神话总体特征及存续的解读》，与九十年代学者的研究不同之处在于，李子贤详细区分了“活态神话”和口承神话。借助马林诺夫斯基的神话学思想，作者指出虽然神话“是一个发展、变异中的‘活体’”，但也必须“存活于某一信仰体系(自然宗教或民间信仰)、存活于特定的文化生态系统(核心是信仰体系、价值取向与文化心理结构)之中”,这是其母体，一旦母体发生变化，就必然导致活形态神话的萎缩乃至消失,或转化为口承神话。活形态神话的一个重要特征在于它具有神圣性、多义性、多相性以及话语权等特征，存活于祭祀、庆典、象征物、图腾等信仰系统和民俗环境之中，既有潜隐性（等待召唤），也有外显性（构成文化传统的哲学基底），并非仅仅是口耳相传。而口承神话则对神圣性没有要求，在本质上是祭仪分离的，没有严格的仪式感与讲述时的各种规定。因此，李子贤认为活形态神话是初民的信仰与存在的体现，是“神话产生之初始阶段直至神话发展鼎盛期唯一的存在形态”，它会随着时代的演变萎缩成口承神话、以及文字出现后通过记录变为文献神话，而从不同的角度，神话王国义呈现过诸多不同相貌的变迁：“神话样态的演进,即由活形态神话、口承神话最终演进为书面(文献)神话;第二,就神话的古老朴野程度而言,神话又由肇始阶段上的原生性神话演进为次生神话及复次生神话;第三,就神话所附丽的人们共同体的发展变化而言,神话从最初阶段上的氏族神话、部落神话向民族神话、国家神话演进;第四,就神话的内容单元及文化内涵的丰富程度而言,神话又由早期内容较单一的独立(原始)神话,逐步向复合(体系)神话转变;第五,就神话的功能而言……”[62]
（二）人类学研究方法
刘宗迪曾在《中国现代神话学：在思想与学术之间》一文中提到，“中国现代神话学中的两个基本取向，即古史辨学派对古史记载中神话史料的文献学研究和民族学者对边疆民族口头神话的田野研究……两者对于神话的理解都是基于西方人类学神话学，都把建立于西方中心主义基础上的进化论人类学作为其分析和解读神话的共同学术资源。”而叶舒宪也曾说过，人类学、民俗学视野下对神话的发现是西方神话学研究的第一次变革。但这种人类学派的研究却难以避免其欧洲中心主义的原罪，它往往将非西方的文化遗留物、仪式、活态神话、口承神话等等自其本土抽离，纳入自己西方中心的分类体系和进化论的现代性历史叙事结构，从而导致“研究对象原初意义的丧失”，也成为中国现代神话学研究的弊病之一。[63]而新世纪以来少数民族神话研究中的人类学研究方法，却仍多停留在对内容的解读和释义，从理论层次的论述比较少见。田兆元就曾提出，神话是一个多重的叙事体系，以人类学的方法研究神话，除了重视到口头和书面的语言形式、图像等物态形式，还要重点考察民俗的仪式行为，如歌舞、表演等等；[64]类似的观点在其他等学者处也做过阐发，比如巴莫曲布嫫对民族史诗和神话的叙事语境和表演场域就做了充分的理论化，对丰富活泼的史诗和神话的叙事被“格式化”成静止、僵化的文字文本的做法做出了批评，重寻“田野主体性”的人类学思想成为民族史诗与神话研究的应有之义，使其每一次表演都成为深厚的族群叙事传统的现时性呈现，成为一种“人生仪礼”的活动，那本土文化关于人的存在与生命本质的叙事。[65]
此一时期对人类学派的研究方法的吸取并做了理论“涵化”的代表性学者是叶舒宪，2003年他完成博士论文《文学人类学》，提出应重视文学的人类学价值，并通过符号、范畴、内容、形式等方法寻找构造文学的中心结构原则，以达到文学背后的文化的解码，并作为一种“世界文学”观念的期待。[66]叶舒宪的思考颇具前瞻性，放在今天来看依旧有着相当的理论锐气。他后来据此发展出庞大的比较神话学与结构主义神话学的理论体系，作为如何落实人类学的具体实践。这本博士论文并未涉及到民族神话的理论研究，但却有着不一般的前瞻意义。人类学派的神话理论研究方法在西方以及现代中国所带来的弊端，也被叶舒宪的世界性的理论视野所规避，就像他在另一篇论文里谈到的，文学人类学的意义还是在于建立一种新的中国文学观及少数民族文学观，“倡导从族群关系与互动、互作用的建构过程入手，学会尊重和欣赏文化内部多样性的现实”，摒弃被中原中心主义所妖魔化的意识形态，探寻许多族源神话、创世神话的真正起源，而那往往藏在族群的人类学意义上的相互交往与文化“涵化”的过程中。[67]总体来说，中国的神话研究的理论方法常呈现出相互交叉的状态，单纯的某一种理论的归纳虽可能有其限制，但也能体现出其曾经达到何种程度的话语关切，又因为什么而发生终止、转变以及融合，并思考其使用历程背后的意义内核，而促进学术史的构建与反思。
（三）历史-地理学派研究方法：母题
如果说对神话的发生学理论研究与人类学的方法研究，侧重的仍是神话的外部，那么历史-地理学派则可以称作是针对神话的内容、形式、结构而生的现代理论。2003年，就在叶舒宪提出未来的研究应侧重于文学人类学的研究方法时，陈建宪也发表论文《走向田野回归文本—中国神话学理论建设反思之一》，指出“世界上各种涉及神话研究的理论流派,已经产生了不少理论术语与范畴。如历史地理学派的母题、类型、亚型、地区变体、异文、原型;口头程式理论的程式、场景、故事类型;人类学派的仪式、展演、万物有灵、文化遗留社会学派的集体意识、集体表象、互渗、功能心理分析学的自恋、他恋、情结、集体无意识、原型结构主义的结构、转换还有文艺学的文本、主题、意象、语境、象征,语言学的话语、能指、所指等等”[68]，这些流派如前文所言当然不会在中国有着现成的对应物，但却也预示着中国研究者对其的了解和吸收。陈建宪本人就是历史-地理学派所倡导“母题”方法研究神话的一位代表性学者，早在90年代他撰写博士论文起，便认为母题分析方法是神话研究的基本方法和出发点，母题是构成神话的基本单位，而母题的流传、演变与结合正是神话变迁的本质，将“各个母题重新综合起来.观察它的组合过程与结构特征.将它作为一个整体，再放在整个民族文化和世界文化的大环境中去加以考察，以找出宏观的、带有普遍性、规律性的东西”[69]，这种方法，可以说是将神话归并到文学的范畴之下。
陈建宪虽为先行者，但其研究侧重于世界各国神话与中国神话母题的比较等，而以母题方法与理论分析少数民族神话并取得显著成果的是王宪昭。从2006年他以“民族神话母题研究”为题完成博士论文至今，他一直从事这方面的研究。母题是社会积淀的产物，同时又蕴藏着民族神话所反映的民族精神，是各民族之间可资比较的一个直接的象征与叙事。当社会与时代语境发生变化后，母题的内涵会变大或缩小、弱化或消失。王宪昭的首要目标是通过母题的收集、比较与研究，将汉族神话与少数民族神话放在同一个研究平台，并建构起中国神话的现代评介体系。[70]其后，他又发表了《试析我国南方少数民族洪水神话的叙事艺术》、《论中国少数民族神话母题的流传与演变》、《中国少数民族造人神话叙事类型与结构》等等比较具有代表性的论文，都是以母题研究为基础，研究方法则类似于普罗普的故事学、类型学对结构、形式与功能的探讨，许多直接顺承自博士论文而来。[71]2013年，王宪昭出版《中国少数民族神话共性问题探讨》一书，提出“为什么民族间的‘美美与共’可以成为各民族共同接受的现实？多民族间相互关系在古老的神话中有哪些典型的反映？”[72]的重要问题，而研究方法依然是“母题”法，分别从南方民族、北方民族、汉族与少数民族三个角度详加分析相互间神话的共性、在发生学上的原因、共性的文化内涵、民族关系[73]等等，极具现实意义。八十年代以来中国神话“多元一体”的特色的强调，在新世纪已经获得更具体有力的实践证明。除了论文写作之外，王宪昭对少数民族母题的研究更在资料收集与整理用力甚深，已经先后主持出版《中国各民族人类起源神话母题概览》（2009）、《中国少数民族神话概论》（2012）、《中国少数民族人类起源神话研究》（2012）、《中国神话母题W编目》（2013）、《中国人类起源神话母题实例与索引》（2016）等，后两者更是千余页的神话母题的大型工具书，直接呈现出中国各民族神话地繁杂多变，异彩纷呈，为研究和神话的传承、开发与保护都提供了难得的档案记录。
在王宪昭之外，刘亚虎以叙事学理论，从神话的叙事形态进行过相关的尝试，比如论文《南方民族叙事诗的“时长”》[74]，虽然讨论对象并非民族神话，但“南方民族叙事形态的主体形式,经历了一个从神话向主要反映世俗生活的叙事诗发展的过程”，因而叙事诗成为神话文本化、去仪式化、去神圣化之后的变体。这种叙事诗仍以口头讲唱为主要传承途径，民族歌手在演唱过程中,通过注重观察听众的情绪,揣摩听众的心理,恰到好处地把握叙事诗的“时长”。由此而生出的停顿、暂缓、省略等等，其实都是口头程式理论研究的重要对象。如果神话通过母题的变化而变化，更多注重的还是自然力这一方面，那么这种在反复的口头讲唱与传诵的过程，则为其变化做出人为的补充、充实与修缮。
